办公室主要职能：负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开和国际合作交流等工作。承担局党组、局领导交办的其他事项。

规划财务和法规司主要职能：组织拟订医疗保障工作规划。承担机关和直属单位预决算等工作，推进医疗保障信息化建设。组织起草法律法规草案、规章和标准，承担规范性文件的合法性审核工作，承担行政复议、行政应诉等工作。承担局党组、局领导交办的其他事项。

待遇保障司主要职能：拟订医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准。统筹推进多层次医疗保障体系建设。建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织拟订长期护理保险制度改革方案并组织实施。承担局党组、局领导交办的其他事项。

医药服务管理司主要职能：拟订医保目录和支付标准，建立动态调整机制，制定医保目录准入谈判规则并组织实施。拟订定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策。组织推进医保支付方式改革。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。承担局党组、局领导交办的其他事项。

医药价格和招标采购司主要职能：拟订药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施，建立价格信息监测和发布制度。拟订药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施，推进招标采购平台建设。承担局党组、局领导交办的其他事项。

基金监管司主要职能：拟订医疗保障基金监督管理办法并组织实施。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法查处医疗保障领域违法违规行为。承担局党组、局领导交办的其他事项。

机关党委（人事司）主要职能：负责机关和在京直属单位的党群工作。承担机关和直属单位的人事管理、机构编制、教育培训、队伍建设等工作。承担局党组、局领导交办的其他事项。